Whistler et Gretchen font équipe pour récupérer des informations compomettantes pour la Compagnie. Scofield, ivre de vengeance, retrouve leur trace à Los Angeles. Le jeune homme veut faire payer à Gretchen d'avoir tué sa bien-aimée Sara... Sona ayant brûlé il y a quelques jours, les prisonniers sont en fuite. Bellick et Sucre tentent de passer la frontière pour rentrer au pays, et T-Bag tient à prendre sa revanche sur Michael Scofield... Quant à Lincoln, il savoure un bonheur inespéré au Panama avec son fils et Sofia...
Michael se retrouve emprisonné avec Mahone et Bellick à Sona, un pénitencier du Panama où les prisonniers sont livrés à eux-mêmes. Les gardiens ont préféré se retirer à la suite d'une émeute survenue un an plus tôt... De son côté, Lincoln profite que les charges contre lui ont été abandonnées pour tenter de faire libérer son frère par les moyens légaux, en passant par le consulat...