Susan reçoit une visite inattendue et plutôt menaçante. Elle n'a pas le choix, il lui faut employer tous les moyens pour sortir Whistler de la prison aujourd'hui même. A Sona, la pression monte aussi. Michael pense avoir 4 jours devant lui, mais aucune idée de comment procéder. Il demande l'aide de Lechero...

Les complots continuent de se nouer à Sona. Scofield, Whistler, Lechero et Mahone préparent un nouveau plan d'évasion. T-Bag, toujours à l'affût, se joint à eux. Mais Sammy a reçu pour consigne de se débarrasser de Lechero pour prendre la direction des opérations à Sona. Un retournement de situation qui pourrait bien compromettre leurs projets...

Les détenus s'évadent ! Sara revient à la prison, Bellick tente de se libérer tandis que Nick trahit Veronica pour essayer de sauver son père.

Les plans d'évasion de Michael et de ses co-détenus s'accélèrent. De son côté, Sara découvre enfin le secret de Michael. Ce dernier lui demande son aide avant d'aller rendre une ultime visite au directeur Pope.

Un fantôme du passé de Lincoln réapparaît nous révélant des éléments sur la façon dont il a été piégé. La retour d'Abrussi à Fox River ne plaît pas à T-bag. Mais pour la bande, tout risque de tomber à l'eau lorsque le capitaine Bellick découvre l'existence du trou !

Lechero a repris le pouvoir dans Sona mais la rumeur d’une évasion s’ébruite. Les détenus ont 24 heures pour finir le tunnel et la vie de LJ dépend toujours de l’évasion que Michael et de Lincoln ont planifiée au lendemain. Cependant, une forte pluie menace l’entreprise, avancée à la nuit. Les détenus auront 30 secondes pour s’évader dans l’obscurité. En attendant l’échéance, Susan - en représailles à la bombe trouvée dans sa voiture, kidnappe Sofia pour faire pression sur James Whistler…

Michael, alors transféré en section psychiatrique, demande de l'aide à Haywire, son ancien co-détenu psychotique. T-bag et C-Note font équipe pour remporter une importance partie de poker avec, à la clef, la cellule de Michael et Sucre.

Michael est mis en isolement. Sucre doit alors tout faire pour cacher le tunnel aux gardes avant qu'il ne soit trop tard.

Une série de flashbacks montre comment le plan de Michael a germé dans son esprit 3 ans auparavant et la façon dont chaque membre de la série s'est retrouvé en prison ...

Lincoln et Michael enregistrent une vidéo pour la télévision nationale et ce dernier en profite pour glisser un message codé qui doit permettre à Sara de le retrouver.

Tout juste mariée à Michael, Sara est arrêtée pour le meurtre de Christina et internée dans la prison d'état de Miami où sont incarcérés T-Bag, le général Krantz et Gretchen. Le FBI réintègre Mahone pour surveiller Michael. Justement, celuici prépare un plan pour faire évader sa femme...
Michael prévoit de faire évader Sara par les airs, destination le Costa Rica. Le jour prévu, une émeute éclate au pénitencier dans le quartier des femmes...

Michael teste la loyauté de Sucre. Mais ce dernier demande à changer de cellule. Abruzzi, quant à lui, se joint au plan d'évasion de Michael.

T-Bag est questionné sur la disparition brutale et mystérieuse d'Andrew Blaunder. Pendant ce temps, Michael, Lincoln, Sucre et Bellick tentent d'atteindre le quartier général de la Compagnie. Quant à Mahone, il meurt d'impatience de régler son compte à Wyatt...

Lincoln est contraint d'abandonner LJ pour retrouver Michael dans le désert du Nouveau Mexique. Au même moment, Kellerman torture Sara afin de lui soutirer des renseignements.

Pour ne pas retarder son plan, Michael provoque une émeute dans la prison en sabotant le système d'air conditionné. Veronica, suspicieuse, refuse l'aide de Nick dans l'affaire Lincoln.