Susan reçoit une visite inattendue et plutôt menaçante. Elle n'a pas le choix, il lui faut employer tous les moyens pour sortir Whistler de la prison aujourd'hui même. A Sona, la pression monte aussi. Michael pense avoir 4 jours devant lui, mais aucune idée de comment procéder. Il demande l'aide de Lechero...
Les complots continuent de se nouer à Sona. Scofield, Whistler, Lechero et Mahone préparent un nouveau plan d'évasion. T-Bag, toujours à l'affût, se joint à eux. Mais Sammy a reçu pour consigne de se débarrasser de Lechero pour prendre la direction des opérations à Sona. Un retournement de situation qui pourrait bien compromettre leurs projets...
Lechero a repris le pouvoir dans Sona mais la rumeur d’une évasion s’ébruite. Les détenus ont 24 heures pour finir le tunnel et la vie de LJ dépend toujours de l’évasion que Michael et de Lincoln ont planifiée au lendemain. Cependant, une forte pluie menace l’entreprise, avancée à la nuit. Les détenus auront 30 secondes pour s’évader dans l’obscurité. En attendant l’échéance, Susan - en représailles à la bombe trouvée dans sa voiture, kidnappe Sofia pour faire pression sur James Whistler…
Tout juste mariée à Michael, Sara est arrêtée pour le meurtre de Christina et internée dans la prison d'état de Miami où sont incarcérés T-Bag, le général Krantz et Gretchen. Le FBI réintègre Mahone pour surveiller Michael. Justement, celuici prépare un plan pour faire évader sa femme...
Michael prévoit de faire évader Sara par les airs, destination le Costa Rica. Le jour prévu, une émeute éclate au pénitencier dans le quartier des femmes...